Hrvatska akreditacijska agencija ima uspostavljen, primijenjen i održavan sustav upravljanja, temeljen na zahtjevima norme HRN EN ISO/IEC 17011 i pripadnih normi i normativnih dokumenata, koji se neprekidno unapređuje i poboljšava. Primijenjeni sustav upravljanja obuhvaća sve aktivnosti HAA u području akreditacije tijela za ocjenu sukladnosti i osigurava primjerenu razinu kvalitete ponuđenih usluga.