Unutarnji ustroj HAA uređen je Statutom Hrvatske akreditacijske agencije (NN 76/2005, 96/2009, 52/2010) koji je donesen na temelju članka 4. stavka 5. Zakona o akreditaciji (NN 158/2003, 75/2009, 56/2013) i članka 15. stavka 1. Uredbe o osnivanju Hrvatske akreditacijske agencije (NN NN 158/2004 i 44/2005, 30/2010).
